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Na sequência da remodelação da Ordem do Carmo, os carmelitas descalços instalaram-se no séc. XVI em Évora, fora da muralha fernandina, frente à torre de menagem. A Igreja foi sagrada em 1614.
Devido à sua localização, o Convento teve papel de relevo nos assédios de Évora: durante a guerra da independência (Maio de 1663), foi palco de combates entre castelhanos e portugueses; e na lª. invasão francesa (Loison), o Convento foi ocupado e saqueado (Julho de 1820).
Depois do saque, a extinção das ordens religiosas e a nacionalização dos seus bens reduziram radicalmente a importância do Convento. No reinado de D. Maria II, foi entregue à CME, assim como a cerca anexa, utilizada como cemitério público, função que se mantém.
Após anos de abandono, a Câmara promoveu no final do Séc. XX importantes obras de recuperação, tendo ali instalado, para além do Departamento de Arqueologia, o Grupo Eborae Mvsica – que tem funcionado na Igreja, ajudando a preservá-la – e alguns outros espaços expositivos.
